当代神经影像技术揭示大脑结构远比三重脑模型描述的复杂。保罗·麦克莱恩于二十世纪中叶提出的三重脑理论，将人脑划分为原始负责本能的“爬行脑”、掌控情绪的“边缘系统”以及理性思考的“新皮质”，这一划分深深影响了大众对大脑功能的简化理解。该模型虽具启发性，其过分简化的进化分层架构在当代神经解剖学面前显得捉襟见肘。人脑并非如地质沉积般分层堆叠，各脑区在进化过程中经历了并行发展与高度交织，神经元的互联网络跨越了所谓“分层”的界限，构成了一个动态、整合的信息处理巨系统。
三重脑理论的核心缺陷在于其对大脑进化路径的误读。模型暗示大脑沿着线性轨迹发展，从爬行类的基底节主导，到哺乳类的边缘系统加入，最终人类获得发达的新皮质。化石证据与比较神经解剖研究描绘了全然不同的图景。基底神经节与边缘系统的许多核心结构在更古老的脊椎动物祖先中已有雏形，并在不同物种谱系中展现复杂的独立进化路径。例如，鸟类虽无类似哺乳动物分层的皮质结构，其纹状体高度发达，支撑了媲美灵长类的复杂认知能力。大脑的进化更像是枝繁叶茂的树，而非阶梯上升的直线，不同功能模块在进化压力下各自调整优化，相互协作。庄子有云：“井蛙不可以语于海者，拘于虚也。”三重脑理论犹如困于自身时代局限性的井蛙，未能窥见大脑进化版图的广阔海洋。
从微观解剖结构审视，三重脑划分的边界极其模糊。该理论将杏仁核、海马体归入边缘系统，认为它们主导情绪。现代神经追踪技术清晰显示，杏仁核不仅与下丘脑等“边缘”结构紧密相连，更与负责高级认知的前额叶皮层存在密集的双向投射。一项针对恐惧条件反射的研究表明，前额叶对杏仁核活动具有显著的抑制性调控，理性思维能深刻影响情绪反应。海马体则不仅是情绪记忆的中心，更是空间导航和情景记忆的核心枢纽，其功能远远超越原始情绪范畴。同时，基底神经节（常被等同于“爬行脑”）与大脑皮层的运动区、前额叶认知区形成复杂的皮质-基底节环路，深度参与决策制定、习惯形成等高级功能，绝非仅司本能。这些精细的神经环路构成了一个高度网络化的整体，任何试图将其截然割裂为三层独立单元的做法都背离了复杂的神经现实。
三重脑模型在解释人类行为时常陷入决定论的困境。它将本能、情绪、理性对立起来，暗示三者相互争夺控制权，此消彼长。例如，冲动行为常被归咎于“爬行脑”或“情绪脑”战胜了“理性脑”。这种机械对抗观忽略了神经系统整合运作的本质。一个关乎生存的决定，如下意识躲避疾驰的车辆，需要感觉输入（视觉、听觉）、快速的情绪评估（恐惧）、基底节启动的运动程序以及前额叶瞬间的风险评估共同参与，整个过程在毫秒级内协同完成，难以区分“谁主导了谁”。即使是高度理性的数学演算，也需要情绪系统赋予动力和专注力，需要基底节协调书写动作。情感并非理性的绊脚石，正如中国传统文化强调“情理交融”，真正复杂的认知过程往往是情绪信息与理性分析水乳交融的结果。临床神经学也提供了有力反证。帕金森病患者主要病变在基底节，其运动障碍之外，常伴有决策困难、动机缺乏等认知情绪问题。阿尔茨海默病初期损害边缘系统如海马体，不仅导致记忆丧失，更引发性格改变和情感淡漠。额颞叶痴呆主要侵袭前额叶和部分颞叶，患者表现出显著的社会行为失当和情绪失控。这些疾病广泛影响不同脑区，其症状复杂多样，绝非单一“脑层”功能障碍所能概括。这些临床观察清晰地表明，大脑功能定位于分布式网络，而非孤立脑层。
三重脑理论作为一种启发性的隐喻，在科普领域或许仍有其简化价值，能帮助公众初步理解大脑功能分区概念。若将其视为严格的解剖学或功能学模型，则严重扭曲了人脑运作的精妙与统一。当代神经科学呼唤我们超越过时的分层模型，拥抱大脑作为一个复杂适应系统的事实。在这个系统中，古老的核团与年轻的皮质通过无数神经纤维紧密交织，协同演化，共同构筑了人类独特的心智世界。理解思维、情感与行为的奥秘，需要我们深入探究这些动态交互的神经环路，而非将目光局限于一个被时代证明存在重大缺陷的假说之上。